W tym czasie zakładano, że główna bitwa rozegra się wzdłuż wewnętrznej granicy niemiecko-niemieckiej na Centralnym Teatrze Działań Wojennych. Po zakończeniu „zimnej wojny”, istniejące struktury okazały się zbyt duże i nieprzystające do nowych uwarunkowań polityczno-militarnych oraz nowych zagrożeń bezpieczeństwa. Ich reformę rozpoczęto tuż po londyńskim szczycie NATO. W lipcu 1990 utworzono grupę roboczą do oceny dotychczasowych struktur i zaproponowania zmian. Głównymi determinantami, mającymi bezpośredni wpływ na transformację było nowe podejście Sojuszu do zagadnienia bezpieczeństwa regionalnego, międzynarodowego i globalnego oraz nowe zagrożenia. Struktura dowodzenia nadal dzieliła obszar traktatowy Sojuszu na strefy podległe dwóm dowództwom strategicznym: Dowództwu Sił Sojuszniczych NATO w Europie (ACE) oraz Dowództwu Sił Sojuszniczych NATO na Atlantyku (ACLANT). W 1999 zmniejszyła się jednak do 37 liczba ośrodków dowodzenia w porównaniu z 78 ośrodkami dowodzenia w 1989. Kolejna zmiana struktur dowodzenia przeprowadzona w 2003 w swej idei odeszła od kryterium opartego na podziale geograficznym, a oparła się na kryteriach funkcjonalności. Była nadal tworzona wokół dwóch dowództw strategicznych, ale całość funkcji operacyjnych NATO powierzona została tylko Dowództwu Sił Sojuszniczych NATO ds.