Po wybuchu I wojny światowej wraz z rodziną wyjechała do Grazu. Rodzinną apteką, która nosiła nazwę „Pod Gwiazdą”, zarządzał wówczas Zdzisław Bączkowski, absolwent farmacji na Uniwersytecie Jagiellońskim w Krakowie. W 1915 rodzina wróciła do Limanowej. W 1920 Klementyna wyszła za mąż za Bączkowskiego. Po zamążpójściu mniej zajmowała się fotografią, skupiając się jedynie na wykonywaniu zdjęć rodzinie. Dokumentowała też rodzinne podróże. Urodziła dwie córki: Krystynę i Janinę. Obie poszły w ślady rodziców i skończyły studia farmaceutyczne. mały|Aparat Klementyny Zubrzyckiej-Bączkowskiej na wystawie głównej w Muzeum Fotografii w Krakowie Od 1922 była właścicielką apteki w Limanowej. W okresie międzywojennym zakład nosił nazwę Apteka mgr Klementyny Bączkowskiej. Farmaceutka prowadziła ją do emerytury, na którą przeszła w 1960.
Wraz z rodziną podróżowała Europie. Była miłośniczką taternictwa. Wraz z mężem należała do Polskiego Towarzystwa Tatrzańskiego. Jako jedna z pierwszych osób w Limanowej i okolicy była właścicielką samochodu, czeskiej Tatry. Jeździła na nartach i łyżwach, nurkowała, polowała. Poza tym tworzyła gobeliny, serwetki i obrusy, z których wiele znalazło się w bazylice w Limanowej. Malowała pejzaże. Do jazdy na rowerze zakładała spodnie. Była emancypantką.