Zubrzycka-Bączkowska wspierała dozbrajanie Wojska Polskiego. W czasie II wojny światowej owdowiała Klementyna (mąż zmarł w październiku 1939) wraz z córkami zaangażowała się w ruch oporu. Dostarczały środki medyczne dla oddziałów partyzanckich w Gorcach i Beskidzie Wyspowym. Udostępniała swoje mieszkanie na tajne wykłady i egzaminy z zakresu szkoły średniej.
Została pochowana w rodzinnym grobowcu na cmentarzu w Limanowej.
Spuścizna Córka Klementyny Zubrzyckiej-Bączkowskiej, Krystyna Bączkowska-Cynke, przekazała większość kolekcji zdjęć Klementyny Zubrzyckiej-Bączkowskiej Muzeum Fotografii w Krakowie. W 2013 kolekcję zdjęć prezentowano na wystawie czasowej pt. Światło-czułe świadectwo. Skarb z Limanowej w rodzinnej miejscowości fotografki. Część zdjęć matki Krystyna Bączkowska-Cynke przekazała do domu pielgrzyma w Limanowej, pozostałe do Muzeum Regionalnego Ziemi Limanowskiej.
Wyposażenie apteki z Limanowej należącej do Zubrzyckiej-Bączkowskiej jest częścią wystawy stałej w Muzeum Regionalnym Ziemi Limanowskiej.