Każdy statek musiał zbliżyć się do flagowego przed zapadnięciem zmroku, a następnie podążać za światłami zapalonymi na jego rufie. Okręt flagowy przy pomocy świateł sygnalizował, kiedy pozostałe statki mają zbliżać się lub płynąć. Każdy statek, z którego zauważono ląd, miał strzelać z armaty; co noc na każdym statku ustawiano trzech obserwatorów.

26 września flotylla zatrzymała się przy Teneryfie, jednej z wysp Kanaryjskich, celem uzupełnienia zapasów. 3 października wyruszono w dalszą trasę, Magellan trzymał się wybrzeża Afryki, ponieważ obawiał się, że król Portugalii mógł za nim wysłać swe okręty. Następnie przyjęto kurs na przylądek Cabo de Santo Agostinho w Ameryce Południowej, który osiągnięto 29 listopada.

13 grudnia 1519 roku flotylla stanęła na kotwicy w pobliżu dzisiejszego Rio de Janeiro, gdzie panowała dobra pogoda, a tubylcy byli przyjaźnie nastawieni. Flota uzupełniła zapasy, ale nieprzychylne warunki spowodowały, że wypłynięto z opóźnieniem. 27 grudnia flota opuściła Rio de Janeiro.