Jedyny pasażer na statku, a jednocześnie kronikarz wyprawy, Antonio Pigafetta napisał, że tubylcy byli rozczarowani widząc, jak odpływają, a niektórzy podążali za nimi w kajakach, próbując zachęcić ich do pozostania. Następnie pożeglowano wzdłuż wschodniego wybrzeża Ameryki Południowej, zatrzymując się 8 stycznia 1520 roku nad estuarium La Platy. Gdy wyprawa szukała przejścia na morza leżące po drugiej stronie lądu amerykańskiego, u wybrzeży Argentyny została zaskoczona nadejściem zimy, którą odkrywcy spędzili w Patagonii.
thumb|Artystyczna wizja śmierci kapitana Mendozy, jednego z buntowników. 31 marca załoga założyła osadę, którą nazwano Puerto San Julián. Wybuchł wtedy bunt wśród żeglarzy, w którym wzięło udział trzech spośród pięciu kapitanów statków, jednak był on nieudany, gdyż załogi w dużej części pozostały lojalne wobec Magellana. Kapitanowie Quesada i Mendoza zostali straceni, a Cartagena i kapelan wyprawy zostali wysadzeni na brzeg.
Statek „Santiago” został wysłany w misji zwiadowczej, ale rozbił się w drodze powrotnej na rzece Santa Cruz w maju 1520 roku. Tylko dwóch marynarzy wróciło drogą lądową, aby powiadomić Magellana.