Dalsza podróż została podjęta dopiero 24 sierpnia.
Przekroczenie Cieśniny Magellana thumb|W cieśninie Magellana. Na 52° szerokości południowej, 21 października 1520 roku flota osiągnęła Cabo Virgenes i stwierdziła, że przejście w poprzek kontynentu zostało znalezione, ponieważ woda w cieśninie była słona i głęboka. Cztery statki rozpoczęły powolne przedzieranie się przez liczące 372 mile przejście, które Magellan nazwał Estreito de Todos los Santos (Cieśnina Wszystkich Świętych), ponieważ flota wpłynęła na nie w dniu Wszystkich Świętych, 1 listopada. Obecnie nosi ona nazwę Cieśniny Magellana, łączy Atlantyk i Pacyfik.
thumb|Mapa cieśniny Magellana wykonana przez Pigafettę. Magellan zlecił najpierw statkom „San Antonio” i „Concepción” zbadanie cieśniny, ale ten pierwszy, dowodzony przez Gomeza, zdezerterował i zawrócił do Hiszpanii, gdzie dotarł w dziewięć dni po śmierci Magellana. Od tej chwili największym statkiem floty był „Trinidad”. 28 listopada pozostałe trzy statki wypłynęły na otwarty ocean. Magellan nazwał te wody Mar Pacifico (Morze Spokojne) z racji jego spokojnych przez cały pierwszy etap podróży wód.