W latach 2006–2011 ponownie był selekcjonerem reprezentacji Stanów Zjednoczonych U-20, z którą na mistrzostwach CONCACAF U-20 2009 w Trynidadzie i Tobago zdobył wicemistrzostwo turnieju po przegranej w finale 15 marca 2009 roku na Marvin Lee Stadium w Macoyi 3:0 z reprezentacją Kostaryki U-20. Prowadził ją także dwukrotnie na mistrzostwach świata U-20 (2007, 2009). 5 maja 2011 roku został zwolniony nie zakwalifikowaniu się drużyny Jankesów na mistrzostwa świata U-20 2011 w KolumbiiUnited States Under-20 coach Thomas Rongen's contract will not be renewed [data dostępu: 2011-05-05] United States Under-20 coach Thomas Rongen has been fired [data dostępu: 2011-05-05] .
Reprezentacja Samoa Amerykańskiego W 2011 roku został mianowany selekcjonerem reprezentacji Samoa Amerykańskiego, która w tym czasie zajmowała 173. miejsce w rankingu FIFA. 22 listopada 2011 roku na Toleafoa J.S. Blatter Complex w Apia w meczu pierwszej rundy eliminacji mistrzostw świata 2014 strefy OFC drużyna Chłopców z terytorium wygrała 2:1 z reprezentacją Tonga, co było drugim w historii zwycięstwem tej drużyny.
Dalsza kariera W latach 2012–2014 był dyrektorem akademii FC Toronto, w której pracował z Holendrami: Bobem de Klerkiem oraz Aronem WinteremToronto FC hires former U.S.