11 kwietnia 1800 roku Paweł I napisał list do papieża Piusa VII z prośbą oficjalnego uznania Towarzystwa Jezusowego w Imperium RosyjskimМарек Инглот S.J., Общество Исуса в Российской Империи (1772-1820 гг.) и его роль в повсесестном востоновлении Ордена во всем мире, Институт фиорсофии, теологии и истории св. Фомы, Москва 2004, s. 150..
Pobyt w Sankt-Petersburgu W 1797 roku Gruber został asystentem wikariusza generalnego Franciszka Kareu, a w 1800 rektorem kolegium jezuickiego w Sankt-Petersburgu. Pobyt Grubera stał się stałym od 1799 roku, gdy został wysłany przez zebraną w Połocku Kongregację Generalną III w celu obrony interesów zakonu w stolicy Imperium Rosyjskiego w związku z wyborem w 1799 roku na stanowisko wikariusza generalnego Franciszka Kareu.
W 1801 roku Gruber uzyskał od papieża Piusa VII zatwierdzenie Towarzystwa Jezusowego na Białej Rusi. W 1801 roku założył kolegium jezuickie w Sankt-Petersburgu, a w 1802 roku collegium nobilium
Gruber utrzymywał serdeczną znajomość z francuskim dyplomatą Josephem de Maistre, który odbył z nim liczne rozmowy i regularnie uczęszczał na msze odprawiane przez niegoМарек Инглот S.J., Общество Исуса в Российской Империи (1772-1820 гг.) и его роль в повсесестном востоновлении Ордена во всем мире, Институт фиорсофии, теологии и истории св. Фомы, Москва 2004, s.