Po jego śmierci w październiku 1946 przejął dowództwo na tym oddziałem. Ujawnił się ponownie w związku z amnestią z 1947, wkrótce jednak powrócił do podziemia. Utworzył Grupę Operacyjną AK „Zorza”, niepodlegającą organizacyjnie innym strukturom. Jego oddział działał do 1955, głównie na obszarze powiatów wadowickiego i myślenickiego; przeprowadził około stu akcji wymierzonych w funkcjonariuszy oraz współpracowników aparatu komunistycznego.

Funkcjonariusze organów bezpieczeństwa publicznego organizowali nieudane obławy. Jana Sałapatka ujęto 18 stycznia 1955 na skutek prowokacji. Został wówczas uderzony w głowę, doznając pęknięcia czaszki. Zmarł 29 stycznia tegoż roku w szpitalu więziennym w Krakowie. Został potajemnie pochowany na cmentarzu Rakowickim. Jego szczątki odnaleziono w 2021 w trakcie prac poszukiwawczych prowadzonych przez Instytut Pamięci Narodowej. Pośmiertnie awansowany na podporucznika.

Postać Jana Sałapatka i jego działania stały się przedmiotem lokalnej legendy;