W odróżnieniu od pajęczaków, mięczaki reprezentowane są stosunkowo ubogo. Powszechny jest ślimak winniczek, w lasach spotyka się też m.in. gatunki Limacus maculatus, Vertigo pusilla, ślimaki szklarkowate, ślinika wielkiego i rdzawego, a w wodach błotniarkę moczarową, małże z rodzaju Pisidium, błyszczotkę połyskliwą, bursztynki pospolitą i podłużną. W wodach Zbiornika Orawskiego stwierdzono występowanie 69 gatunków mięczaków (55 ślimaków, 14 małży). Z gatunków rzadkich spotkać można Acicula parcelineata, błyszczotkę lśniącą czy Euconulus alderi oraz karpackie endemity Perforatella vicina czy Trichia villosula.