W 1951 roku aptekę upaństwowiono, a jej wnętrze wyremontowano. Część wiekowego wyposażenia, w tym urządzenia farmaceutyczne, przekazano do Muzeum Farmacji w Krakowie. Zabytkowe meble wskutek wieku uległy natomiast zniszczeniu przez drewnojady i po zakończeniu prac nie udało się ich ponownie wstawić. Placówka utraciła zatem historyczny wystrój. W 1952 roku nastąpiła w Tarnowie zmiana wszystkich kierowników aptek; kierownikiem Apteki „Pod Aniołem” został Antoni Strzelec. W kolejnych latach stanowisko to pełnili Jakub Taubeles, Zdzisław Parasiewicz oraz Jadwiga Pachowicz.

W 1991 roku aptekę zlikwidowano, a jej rolę przejęła apteka „Pod wezwaniem św. Rodziny” przy ul. Żydowskiej.

Architektura