W okresie okupacji niemieckiej placówka trafiła pod zarząd Izby Aptekarskiej w Krakowie. Okupanci uznali ją za mienie opuszczone: Eugeniusz Ujejski zginął podczas walk w trakcie kampanii wrześniowej, natomiast Zofia Ujejska spędziła czas wojny na Węgrzech. Decyzją Izby Aptekarskiej aptekę na powrót otwarto, a za jej funkcjonowanie odpowiedzialny był Włodzimierz Biłenki wywodzący się z Małopolski Wschodniej.
Jak przywoływał jeden z oficerów Armii Krajowej z Inspektoratu AK Tarnów, ppłk. Stanisław Marek, w okresie wojny placówka była obiektem zainteresowania Gestapo. Pracująca w niej farmaceutka należała do AK, a kiedy tajna policja odkryła jej konspiracyjną działalność, zdecydowano o aresztowaniu podejrzanej. Ostatecznie jednak, za sprawą sprytu Biłenkiego, do zatrzymania nie doszło: gestapowców unieszkodliwił nalewką aptekarską, dzięki czemu partyzantce udało się uciec i wyjechać z miasta.
Po zakończeniu wojny aptekę ponownie uznano za mienie opuszczone, w związku z czym podlegała Tymczasowemu Zarządowi Państwowemu. Następnie przejęła ją Okręgowa Izba Aptekarska w Krakowie. Najpierw jej kierownikiem, a później – po przejęciu przez OIA – ajentką, została Anastazja Wałężanka.