Następnie część dziewcząt skierowano do portu w Piławie, gdyż stamtąd odpływały jeszcze statki na Zachód.
W ostatnich dniach stycznia 1945 roku, kiedy droga lądowa ucieczki z Braniewa była już odcięta, w obliczu nadciągającego frontu Armii Czerwonej młode dziewczęta, których ze strony żołdaków nie mogło czekać nic innego prócz okrucieństw, opuściły wraz z personelem zakład i poprzez Frombork i zamarznięte wody Zalewu Wiślanego (zobacz: ucieczka przed Armią Czerwoną przez Zalew Wiślany) ewakuowały się do Gdańska, gdzie zastał je koniec wojny. W budynku wraz z diakonisami pozostała tylko dobrowolnie mała grupka dziewcząt-ochotniczek, które złożyły zaprzysiężenie do służby. Kilka z nich oddelegowano do opieki nad uciekinierami w Mamonowie, wkrótce dwie z nich zginęły podczas nalotu bombowego. Budynek fundacji nie opustoszał, szybko wolne miejsca wypełniali kolejni uciekinierzy. Część pomieszczeń zajęli chorzy i ranni, dla których brakowało miejsca w pozostałych szpitalach i lazaretach. W początku lutego obok budynku spadło kilka bomb, który wybuch zniszczył okna i drzwi, sam zakład miał jedno trafienie bezpośrednie. W budynku nie było już wody ani światła. Gdy w lutym Braniewo znalazło się pod bezpośrednim ostrzałem artyleryjskim „wyzwolicieli”, chorych zaczęto wywozić ciężarówkami z zakładu.