19 marca zezwolono wszystkim pozostałym siostrom i dziewczętom na opuszczenie ośrodka. Inwentarz żywy został przekazany żołnierzom Wehrmachtu. Nastąpiła całkowita ewakuacja ośrodka.
20 marca do miasta wkroczyła Armia Czerwona. W obiektach fundacji pozostało kilku uchodźców Polaków, którzy nie chcieli się ewakuować. Budynek główny nie był mocno zniszczony, lecz całkowicie splądrowany. Po zakończeniu działań wojennych kilka sióstr powróciło z Gdańska – gdzie zastał ich koniec wojny – z powrotem do Braniewa. Zastały całkowicie splądrowaną i ogołoconą fundację. Nie przeszkodziło im to jednak jeszcze przez ponad rok posługiwać wśród ludności miasta. Ponieważ siostry nie złożyły deklaracji przynależności do państwa polskiego, zakazano im posługiwać dalej w miejscowym szpitalu, w którym wykonywały początkowo wszelkie czynności. Wówczas siostry służyły pomocą i opieką w obozie przejściowym dla ludności niemieckiej utworzonym w budynkach pracowniczych stadniny koni przy ul. Moniuszki, do których polska milicja wysiedlała od lata 1945 Niemców z innych kwartałów Braniewa.