Uzyskano w ten sposób 10 dodatkowych miejsc noclegowych na siennikach.
Po wybuchu w 1939 roku II wojny światowej schronisko opuszczono, a pozbawione gospodarza było dewastowane – pozbawiono je szyb w oknach, klamek, zamków i całego wyposażenia. W 1941 roku niemieckie władze okupacyjne wyremontowały budynek, doprowadziły do niego linię telefoniczną i utworzyły tam placówkę straży granicznej (przez Policę i Czernic przebiegała nowa granica Generalnego Gubernatorstwa i Słowacji).
Okoliczne góry były przy tym miejscem koncentracji partyzantów polskich (najbardziej aktywny oddział AK Harnaś) oraz radzieckich. Atak na placówkę graniczną w 1943 roku, choć ostatecznie zakończony niepowodzeniem, wywołał skutek w postaci likwidacji posterunku i ponownego opuszczenia budynku schroniska. Niedługo później Niemcy próbowali przywrócić je dla ruchu turystycznego. Gospodarzem został Eugeniusz Glatman, jednak po jego rezygnacji latem 1944 roku obiekt raz jeszcze pozostawał pusty, a jedynie niekiedy wykorzystywany był przez partyzantkę jako tymczasowe schronienie.