W kolejnych latach program był kontynuowany, a jego formuła się zmieniała. W 2002 roku wprowadzono dodatkowe preferencje dla organizacji, które w latach 2000 – 2002 nie otrzymały dofinansowania ze źródeł ponadlokalnych. W tym samym roku, z powodu powodzi na południu Polski, stworzono dodatkowy element programu – dotacje dla organizacji z terenów dotkniętych powodzią.
W 2003 roku, na podstawie doświadczeń zebranych podczas realizacji pierwszych dwóch edycji programu, wprowadzono nowe założenia dla trzeciej edycji programu, tworząc różne ścieżki dotacyjne.
W 2004 roku program został rozszerzony o kolejny element - Sieć Liderów Programu Równać Szanse, która stała się platformą wymiany informacji i kontaktów między wszystkimi partnerami programu.
W 2005 roku rozpoczęto realizację piątej edycji programu, która obejmowała różne konkursy dotacyjne, w tym Ogólnopolski Konkurs Grantowy, Programy Modelowe, Regionalny Konkurs Grantowy oraz II Regionalny Konkurs Grantowy. W tym samym roku powstała Akademia Programu Równać Szanse, mająca na celu umożliwienie uczestnikom programu zdobycia dodatkowych umiejętności i wiedzy.
Polsko-Amerykańska Fundacja Wolności poddawała program systematycznym przeglądom strategicznym dokonywanym przez zewnętrznych ekspertów. Pierwszy raz Program został poddany ocenie w 2007 roku.