Powrót do Japonii i proces W kwietniu 1959 Bryn przybył do Japonii, posługując się podrobionym paszportem Dominikany. Pojawił się w polskiej Ambasadzie w Tokio. Twierdził, że został uprowadzony przez Amerykanów. Mieli oni dosypać mu środek usypiający do soku i pozbawić wolności podczas międzylądowania w Manili na Filipinach. Następnie miano go trzymać przez kilka miesięcy na Okinawie. Bryn, wedle swojej relacji, nie ujawnił żadnych informacji, a po blisko roku udało mu się wykorzystać nieuwagę strażników, dzięki czemu uciekł do Tokio (według innej wersji, miał uciec już w Tokio, dokąd z powrotem przewieźli go Amerykanie). Przedstawiona przez niego wersja nie została uznana za wiarygodną i odesłano go do Polski. Wysłano go statkiem handlowym do Chin, skąd dotarł do Moskwy, a stamtąd samolotem do Polski. 13 maja 1959, bezpośrednio po wylądowaniu w Warszawie, został aresztowany. Śledztwo w jego sprawie, w którym zasadniczą rolę odgrywał Departament I MSW, trwało dwa lata. Mimo podjętych środków nie udało się ustalić, co dokładnie działo się z Brynem między jego zniknięciem a powrotem.