Ewaluacja jednostek badawczych w Portugalii (2013–2015) Krajowa agencja finansująca Portugalii FCT zleciła ESF wsparcie dwuetapowej ewaluacji krajowych jednostek B+R. Proces i jego wyniki były kwestionowane przez część portugalskiego środowiska naukowego; w kwietniu 2015 r. Science określił ewaluację jako politycznie kontrowersyjną, relacjonując zmiany w kierownictwie FCT. W październiku 2014 r. Nature opublikowało felieton z cyklu World View autorstwa Amayi Moro-Martín, w którym mowa o „wadliwym procesie ewaluacji wspieranym przez ESF”; ESF zażądała sprostowania i zagroziła krokami prawnymi, co odnotował Retraction Watch; później ESF oświadczyła, że „na tym etapie” nie zamierza pozywać.

Przetrwanie głosowania nad rozwiązaniem (2014) W grudniu 2014 roku czasopismo Physics World poinformowało, że ESF „przetrwała głosowanie nad rozwiązaniem” przeprowadzone wśród swoich członków, podczas gdy jej przyszła rola pozostawała niepewna, ponieważ wcześniejsze programy i funkcje polityczne zostały zakończone. Ówczesny dyrektor generalny Martin Hynes przyznał, że wiele większych krajowych organizacji członkowskich – zwłaszcza we Francji, Niemczech i Wielkiej Brytanii – wystąpiło, i że ESF może kontynuować działalność z mniejszą bazą członkowską.