Działalność od 2005 W wyborach w 2005, otrzymawszy 21 101 głosów, uzyskał ponownie mandat poselski. Od 2005 do 2006 pełnił funkcję wiceprzewodniczącego klubu parlamentarnego Samoobrony RP oraz koordynatora struktur partii w województwie małopolskim. W latach 2005–2007 był wiceprzewodniczącym Komisji Łączności z Polakami za Granicą. W grudniu 2006 został wykluczony z Samoobrony RP w związku z tzw. seksaferą w Samoobronie, pozostając w jej klubie parlamentarnym oraz we władzach ZZR „Samoobrona”.
W sierpniu 2007 Sejm uchylił mu immunitet. Wieczorem 23 sierpnia 2007 przebywający w gdańskim szpitalu Stanisław Łyżwiński został zatrzymany przez funkcjonariuszy policji. 24 sierpnia 2007 prokurator Prokuratury Okręgowej w Łodzi przedstawił posłowi siedem zarzutów, m.in.: oferowania byłej radnej łódzkiego sejmiku i byłej dyrektor jego biura poselskiego Anecie Krawczyk pracy w zamian za korzyść osobistą (o charakterze seksualnym), zmuszania jej i dwóch innych kobiet do usług seksualnych, nakłaniania Anety Krawczyk do dokonania aborcji, zgwałcenia radnej rady powiatu tomaszowskiego oraz podżegania do porwania i przetrzymywania jako zakładnika byłego wspólnika w celu zmuszenia go do spłaty długu. Polityk nie przyznał się do popełnienia zarzucanych mu czynów.