26 sierpnia 2007 Stanisław Łyżwiński został na mocy postanowienia Sądu Okręgowego w Łodzi tymczasowo aresztowany. W wyborach w 2007 nie ubiegał się o reelekcję.
W Sądzie Rejonowym w Tomaszowie Mazowieckim prowadzono proces, w którym został oskarżony o wyłudzenie partyjnych funduszy; w 2010 postępowanie zawieszono ze względu na zły stan zdrowia Stanisława Łyżwińskiego.
11 lutego 2010 po trwającym od maja 2008 procesie karnym Sąd Okręgowy w Piotrkowie Trybunalskim uznał Stanisława Łyżwińskiego za winnego wszystkich zarzucanych mu czynów i skazał go na karę łączną 5 lat pozbawienia wolności oraz grzywnę. Tego samego dnia sąd ten uchylił stosowany dotąd wobec niego środek zapobiegawczy w postaci tymczasowego aresztowania. Obrońcy Stanisława Łyżwińskiego złożyli apelację od wyroku. W trakcie przebywania Stanisława Łyżwińskiego w areszcie jego żona, adwokaci oraz niektórzy dziennikarze i politycy (m.in. eurodeputowany Janusz Wojciechowski) wskazywali na drastyczne pogorszenie jego stanu zdrowia (skutkujące m.in.