Popierał porzucenie paliw kopalnych na rzecz rozwoju odnawialnych źródeł energii. Twierdzi, że popierałby energetykę jądrową, jeśli byłaby tania i bezpieczna, ale według niego obecnie jest zbyt droga i niebezpieczna.
Kontrowersje Ruch antyszczepionkowy Jest znany z wygłaszania antyszczepionkowych poglądów. Jego zaangażowanie w tej kwestii wzrosło w czasie pandemii COVID-19 i opracowywania szczepionki na tę chorobę. Przemawiał na różnych protestach (m.in. w USA, Niemczech, Włoszech) związanych ze środowiskami antyszczepionkowymi i przeciwnymi ograniczeniom wprowadzanym w czasie pandemii COVID-19. W czerwcu 2005 Kennedy napisał artykuł dla Rolling Stone i Salonu pt. „Deadly Immunity” (Śmiertelna Odporność), w którym twierdził, że istnieje związek pomiędzy tiomersalem (używanym w szczepionkach) a epidemią zaburzeń neurologicznych (m.in. występowania autyzmu) u dzieci. Krótko po publikacji Salon naniósł pięć sprostowań do tekstu Kennedy’ego. W 2011 oba portale cofnęły publikację artykułu.
Jest przewodniczącym organizacji non-profit Children’s Health Defense, która prowadzi liczne kampanie dezinformacyjne na temat szczepień.