W 2021 roku wydał książkę The Real Anthony Fauci. Na antenie Fox News w lipcu 2023 powiedział, że jeśli zostanie prezydentem USA, to postawi w stan oskarżenia Anthony’ego Fauciego za jego działania podczas pandemii koronawirusa. Fauci był dyrektorem Narodowego Instytutu Alergii i Chorób Zakaźnych i doradcą Białego Domu ws. pandemii koronawirusa. Twierdził także, że Fauci i Fundacja Billa i Melindy Gates mogą czerpać zyski ze szczepionki przeciw COVID-19.
Także w 2021 roku Instagram skasował konto Roberta F. Kennedy’ego Juniora z powodu „wielokrotnie udostępnianych fałszywych teorii na temat koronawirusa oraz szczepionek”. W czerwcu 2023 jego konto zostało przywrócone.
W styczniu 2022, podczas wiecu antyszczepionkowców przeciwko obowiązkowi szczepień na COVID-19 powiedział: „nawet z Niemiec Hitlera można było uciec do Szwajcarii, schować się na poddaszu, jak Anne Frank. – ”Dziś są tworzone mechanizmy, które sprawią, że nikt z nas nie będzie mógł uciec, nikt się nie schowa”. Jego stwierdzenie spotkało się z powszechną krytyką w mediach. Niedługo później Kennedy przeprosił za to porównanie.