10 innych pasażerów zostało rannych. Samolot przewoził łącznie 273 pasażerów. Wybuch wywarł dziurę w podłodze, a gwałtowna ekspansja kabiny przecięła kilka kabli sterujących w suficie, odcinając kontrolę nad prawą lotką samolotu, a także sterami kapitana i pierwszego oficera. Zazwyczaj fotel 26K, który Yousef wybrał do podłożenia bomby, byłby umieszczony bezpośrednio nad środkowym zbiornikiem paliwa, a detonacja bomby spowodowałaby paraliżującą eksplozję, ale w tym konkretnym kadłubie, byłym samolocie Scandinavian Airlines System, fotel znajdował się dwa rzędy do przodu od normalnego. Załoga zachowała kontrolę nad Boeing 747-200 i doprowadziła do awaryjnego lądowania na lotnisku Naha. Zadowolony z rezultatów ataku, Yousef zaplanował następnie, które loty zaatakować w drugiej fazie spisku.
Faza I: Plan zamachu na papieża Pierwszą fazą planu był zamach na papieża Jana Pawła II podczas jego wizyty na Filipinach w trakcie obchodów Światowych Dni Młodzieży 1995. 15 stycznia 1995 roku zamachowiec samobójca miał przebrać się za księdza, podczas gdy Jan Paweł II przejeżdżał w swojej karocy w drodze do seminarium w Makati. Zamachowiec planował zbliżyć się do papieża i zdetonować bombę. Planowane zabójstwo papieża miało odwrócić uwagę od kolejnej fazy operacji.