W 1975 został powołany na stanowisko dyrektora Archiwum Dokumentacji Mechanicznej. Poza kierowaniem archiwum zajmował się opracowywaniem katalogów i informatorów archiwalnych. Uczestniczył w powszechnych zjazdach historyków polskich (Lublin, Katowice, Toruń) i w powszechnych zjazdach archiwistów polskich (Przemyśl, Warszawa).
Należał do Polskiego Towarzystwa Historycznego i Stowarzyszenia Archiwistów Polskich.
W 1960 poślubił, urodzoną 19 sierpnia 1938 w Wodzisławiu Śląskim, Marię Wieczorek (późniejszą nauczycielkę geografii). Mieli córkę Barbarę.
Jan Boniecki zmarł na skutek choroby nowotworowej 3 października 2006 w Wodzisławiu Śląskim i został pochowany na tamtejszym cmentarzu parafialnym przy ul. Pszowskiej.
Wyróżnienia i odznaczenia Złoty Krzyż Zasługi (1979) Krzyż Kawalerski Orderu Odrodzenia Polski (1995) Tytuł Zasłużony Działacz Kultury – „Za zasługi dla Kielecczyny”, „Za zasługi dla archiwistyki” (1975)