odkryte zostały również ślady osadnictwa z XV wieku.
Babur, choć urodzony w Ferganie, na tyle pokochał Kabul, że uznawał go za swoją ojczyznę i po śmierci chciał zostać pochowany właśnie w tym mieście. Władca zmarł w 1530 roku i początkowo, wbrew swojej woli, spoczął w Agrze, jednak już między 1539 a 1544 rokiem jego ciało zostało przeniesione do grobowca na terenie Ogrodów Babura. Możliwe, że obszar ogrodów już wcześniej wykorzystywany był przez Timurydów jako cmentarz, o czym świadczyć mogą pozostałości starszych grobów w ceglanych kryptach oraz odkryte pod grobowcem Babura.
thumb|Grobowiec Babura w 1924 roku Tarasowe Ogrody Babura jako miejsce spoczynku założyciela dynastii Wielkich Mogołów stały się symbolem państwa oraz miejscem kultu. Przez kolejne 150 lat następcy Babura dbali o ten teren oraz prowadzili prace budowlane mające na celu jego zachowanie i upiększanie. Odbywający w 1607 roku pielgrzymkę do Kabulu władca Mogołów Dżahangir nakazał otoczyć murami wszystkie ogrody w mieście, w tym Ogrody Babura. Z jego inicjatywy przed grobami Babura oraz jego syna i wnuka ustawiono nagrobki z inskrypcjami oraz wzniesiono marmurową platformę modlitewną (czabutrę). W 1645 lub 1646 roku, za panowania Szahdżachana, na terenie ogrodów wybudowano meczet z białego marmuru mający upamiętniać zdobycie Balchu.