Przebudowano także połączone ze sobą wodospadami baseny z fontannami znajdujące się na każdym tarasie, przepływające przez główną oś ogrodu kanały wyłożono marmurem, wzniesiono karawanseraj, a wokół części grobowców ustawiono ażurowe .
W 1842 roku Ogrody Babura zostały poważnie zniszczone przez trzęsienie ziemi. W latach 80. XIX wieku kompleks odbudował emir Afganistanu, Abdur Rahman Chan, ale w stylu bardziej europejskim niż mogolskim. W południowo-wschodnim narożniku ogrodów wybudowano tzw. Pałac Królowej (harem), na tarasie dziewiątym nad centralną osią ogrodów wzniesiono letni pawilon oraz utworzono siedem parterów ogrodowych. Podczas panowania króla Mohammada Nadera Szaha, w latach 1929–1933, przywrócony został krajobrazowy charakter obiektu, a część budynków wzniesionych przez Rahmana wyburzono. Kompleks otwarto dla społeczeństwa, dzięki czemu Ogrody Babura stały się publicznym parkiem, natomiast w latach 70. lub 80. XX wieku wybudowano na tym terenie basen, budynki gospodarcze i szklarnię (usunięte na początku XXI wieku).