Na Majorce jednak papieska inkwizycja utrzymała się nieco dłużej, bo aż do 1488.
W 1488 Torquemada zdołał doprowadzić do odwołania papieskiego inkwizytora Majorki i mianował na jego miejsce swoich nominatów Sancho Marina i Pedro Pereza de Munebregę. W latach 1488–1492 inkwizytorzy kilkakrotnie ogłaszali edykty łaski, w wyniku których pojednanych z Kościołem zostało 560 osób. Wielu jednak z tych, którzy się zgłosili dobrowolnie, nie uniknęło później procesu i kary. Skoro okazywanie skruchy okazywało się dla marranów z Majorki mało skuteczną formą obrony, wielu zaczęło ratować się ucieczką z wyspy. Skutkowało to bardzo dużą liczbą zaocznych wyroków śmierci – zbiegów traktowano bowiem automatycznie jako winnych. Do 1536 spalono na stosie co najmniej 81 osób, a co najmniej 469 skazano zaocznie lub pośmiertnie. Mniej więcej od 1514 liczba wyroków i konfiskat jednak spadała, co skończyło się faktycznym bankructwem trybunału w 1534. Przez następne kilkadziesiąt lat inkwizycja na Majorce nie przejawiała większej aktywności. Funkcje inkwizytorskie pełnił w tym czasie jeden z kanoników kapituły katedralnej, dysponujący bardzo niewielkim personelem pomocniczym. W podupadłym trybunale kwitła korupcja, co jednak na dłuższą metę nie uszło uwadze centralnych władz inkwizycji.