W latach 1566 i 1569 mianowano na inkwizytorów duchownych spoza wyspy i wydano zarządzenia dotyczące ścisłego przestrzegania wewnętrznych reguł inkwizycji, co miało ukrócić korupcję. Od około 1575 zaczęto na dużą skalę werbować zauszników (familiares) do służby na rzecz inkwizycji. Aktywność trybunału nadal pozostawała niska, aczkolwiek coraz lepiej udokumentowana z uwagi na przesyłane do Supremy w Madrycie od 1579 raporty o sprawach tzw. relaciones de causas. Głównym celem inkwizycji na Majorce aż do 1675 pozostawały drobne występki przeciwko wierze i moralności, jak np. bigamia czy nieortodoksyjne opinie wygłaszane przez zwykłych ludzi. Podobnie jak w innych regionach Hiszpanii, inkwizycja nader często popadała w rozmaite spory z innymi lokalnymi władzamiMoreno Martinez, s. 969; Braunstein, s. 45-55..