Pierwszą placówką duszpasterską Manuela Blanco było miasto , w prowincji Bulacan, na wyspie Luzon. W Angat nauczył się tagalog. W 1812 roku władze zakonne przeniosły go do San José de Batangas. W San José rozpoczął pierwsze studia nad miejscową roślinnością. Sporządzał notatki, które później wykorzystał przy pisaniu swego działa Flora de Filipinas. Pełnił w wielu klasztorach urząd przełożonego. W latach 1833–1837 był prowincjałem swojej macierzystej prowincji zakonnej. W pracy naukowej Blanco opierał się na wcześniejszych studiach jezuitów Claina i Juana Delgado, augustianina Ignacio Mercado i dominikanina Fernando Santa María. W 1822 roku zaadaptował i przetłumaczył z francuskiego na tagalski podręcznik medycyny domowej Tratado de medicina doméstica Tissota, proponując wytwarzanie leków rodzimych, których składniki były łatwo dostępne w warunkach naturalnych na Filipinach. Uczył swoich parafian zasad nowoczesnej uprawy roli, a także próbował wytwarzać naczynia z gliny i szkła, które mogłyby dorównywać tym, które przywożono na wyspy z Chin.