Do ostatniej z instytucji trafiło jako dwa osobne depozyty – skrzydła zewnętrzne w 1891 r., a następnie szafa ze skrzydłami wewnętrznymi w 1938 r.
Pomiędzy 1858 r. a 1900 r. elementy poliptyku nie uległy znaczącej zmianie, co zostało udokumentowane na fotografii Ignacego Kriegera, prezentującej dzieło w tym samym ustawieniu co Karol Beyer. W scenie ze Świętą Rodziną częściowo zrekonstruowano rozety. Zmienił się jednak jego stan techniczny, który uległ pogorszeniu stąd w 1928 r. został napisany program konserwatorski zakładający wykonanie nowej konstrukcji wzmacniającej szafy środkowej oraz prac strukturalnych i estetycznych. Prace te miał wykonać malarz i konserwator Wiesław Zarzycki. Nie wiadomo jednak czy i w jakim stopniu program ten został zrealizowany.
Po wybuchu II wojny światowej, 16 grudnia 1940 r. części poliptyku zostały zarekwirowane przez okupanta i umieszczone w katalogu Sichergestelle Kunstwerke im Generalgouvernement pod nr. 247 a 1 marca 1940 r. zarekwirowane przez okupanta. W tym czasie fragmenty retabulum były eksponowane dwukrotnie - po raz pierwszy w maju 1941 r. na wystawie Veit Stoss-Ausstellung w Collegium Maius siedzibie Institut für Deutsche Ostarbeit, a następnie w 1942 r. na wystawie Altdeutsche Kunst aut Krakau und dem Karpatenland.