Kontrowersje Powieść wzbudza duże kontrowersje wśród naukowców zajmujących się życiem i twórczością Leonarda da Vinci. Krytykowane jest przesłanie filmu, jakoby w swoich dziełach Leonardo da Vinci ukrył tajne wiadomości, układy geometryczne oraz niewidoczne obrazy, które udało się odczytać dopiero po pięciuset latach.
Dan Brown w swojej powieści umieścił organizację Zakon Syjonu oraz listę Mistrzów Zakonu Syjonu. Lista ta została stworzona przez francuskiego nacjonalistę i antysemitę Pierre’a Plantarda, który twierdzi, że jedynymi prawowitymi władcami Francji byli Merowingowie, których w 751 roku wypędzili Karolingowie. Zdaniem historyka sztuki i badacza Leonarda da Vinci Martina Kempa Plantard wraz z zubożałym francuskim arystokratą Philippem de Chérisey’em mieli sfabrykować szereg dokumentów, które miały bronić pseudonaukową hipotezę o obaleniu dynastii Merowingów i ukrywaniu prawdziwej historii przez Zakon Syjonu. Na liście Mistrzów Zakonu Syjonu oprócz Leonarda znaleźli się m.in. Nicolas Flamel, Sandro Botticelli, Isaac Newton czy też Victor Hugo.