Wydawnictwo Bantam Press na początku książki zamieściło informację, że postacie, miejsca oraz wydarzenia pojawiające się w powieści są fikcyjne lub są wykorzystane w sposób całkowicie fikcyjny. Jednocześnie Dan Brown na stronie pt. Fakty podał, że w 1975 roku odkryto pergaminy ujawniające tożsamość Wielkich Mistrzów Zakonu Syjonu, tzw. Les Dossiers Secrets, czyli (fr. tajne akta Henriego Lobineau). W 2007 amerykański badacz związany z czasopismem „Skeptical Inquirer”, analizujący Kod Leonarda da Vinci, zwrócił uwagę, że w latach 90. XX wieku dowiedziono, iż dokumenty te są fałszerstwem.
Innym pseudonaukowym motywem poruszanym w powieści jest rzekome małżeństwo Jezusa Chrystusa i Marii Magdaleny, ukrywane przez Kościół katolicki. Ich małżeństwo miało dać początek rodowi Merowingów. Idea ta została rozpowszechniona przez pisarza i aktora Henry’ego Lincolna, który w 1982 roku wraz z Michaelem Baigentem i Richardem Leigh wydał powieść . Autorzy książki zasugerowali, że Graal jest jednocześnie łonem Marii Magdaleny i rodem królów Francji, a nie zaginionym kielichem do wina z Ostatniej Wieczerzy lub naczyniem, w którym znajduje się krew ukrzyżowanego Chrystusa.