Poschmann w 2004 roku sklasyfikował omawiany rodzaj w pozycji siostrzanej względem Pantopoda. W 2006 roku Poschmann i Dunlop umieścili go jako siostrzany dla wszystkich pozostałych Eupycnogonida z wyjątkiem Palaeoisopus, którego uznali za najbardziej bazalnego w obrębie gromady. Bazalną pozycję Palaeoisopus i Flagellopantopus argumentowali obecnością u nich telsonu – cechy plezjomorficznej stawonogów, natomiast większy prymitywizm Palaeoisopus niż Flagellopantopus, obecnością u tego pierwszego czterech, a u tego drugiego dwóch lub trzech segmentów odwłoka. Inne podejście przedstawione zostało w 2007 roku przez Rogera N. Bambera. Według niego Flagellopantopus przypomina już wystarczająco współczesne kikutnice, a telson może nie być częścią okazu. Autor ów zaliczył omawiany rodzaj do rzędu Pantopoda, zaznaczając, że jeśli telson okazałby się nie być częścią zwierzęcia, należałoby go przyporządkować do linii ewolucyjnej obejmujące także jurajskie rodzaje przypominające Endeidae, które to sklasyfikował w Palaeoendeinae. O współczesnym wyglądzie przesądzać miały pozbawione obrączkowatych nabrzmiałości wyrostki boczne i walcowate odnóża o różnych rozmiarów członach. Inne wyniki uzyskał Sylvain Charbonnier.