Bezpośrednio po ukończeniu studiów został zatrudniony w Zakładzie Nauk Pomocniczych Historii i Archiwistyki na macierzystej uczelni, najpierw jako asystent stażysta, a następnie asystent. W 1997 roku otrzymał stopień naukowy doktora nauk humanistycznych w dziedzinie historia na podstawie dysertacji Dokumenty i kancelarie książąt opolsko-raciborskich do początków XIV wieku napisanej pod opieką prof. dra hab. Wacława KortyDoktoraty.. Wraz z nowym tytułem awansował na stanowisko adiunkta. Postępowanie habilitacyjne Wójcika rozpoczęło się 30 kwietnia 2019 r. i dotyczyło zbioru jego publikacji Heraldyka i genealogia rycerstwa śląskiego w świetle źródeł sfragistycznych do początku XV wieku, wśród których najważniejszym dziełem był dwutomowy katalog pieczęci rycerstwa śląskiego w dobie przedhusyckiej. Trwało ono do 11 września 2020 r. i doprowadziło do nadania Markowi Wójcikowi stopnia naukowego doktora habilitowanego. Od września 2023 r. jest profesorem uczelni Uniwersytetu WrocławskiegoWyszukiwarka pracowników UWr..