We wrześniu 2007 r. władze Uniwersytetu Wrocławskiego wyznaczyły trzyosobową radę do celów lustracji heraldycznej uczelnianego godła, w której zasiadł m.in. dr Marek Wójcik. Projekt zaprezentowano i zaakceptowano w styczniu roku następnego. W 2010 r. Wójcik uczestniczył też w projekcie badawczym pt. Śląskie Archiwum Ikonograficzne.
W latach 2012–2016 brał udział w grancie badawczym Dziedzictwo kulturowe po klasztorach skasowanych na ziemiach dawnej Rzeczypospolitej oraz na Śląsku w XVIII i XIX w.: losy, znaczenie, inwentaryzacja, kierowanym przez prof. dra hab. Marka Derwicha, realizowanym w ramach programu Ministra Nauki i Szkolnictwa Wyższego pod nazwą „Narodowy Program Rozwoju Humanistyki”, w którym pełnił funkcję sekretarza redakcji półrocznika „Hereditas Monasteriorum”. 20 grudnia 2011 r. za wkład w organizację obchodów jubileuszu dwustulecia uniwersytetu państwowego we Wrocławiu został uhonorowany przez Komitet Organizacyjny wydarzenia brązowym medalem.
W latach 2010 i 2012 otrzymał od ówczesnego rektora Uniwersytetu Wrocławskiego prof.