Następnie powrócił do Krystynopola, gdzie do 1947 walczył w miejscowym oddziale samoobrony, a potem w Straży Ochrony Kolei przeciwko UPA. Po ustaniu walk wstąpił do Ochotniczej Straży Pożarnej w Krystynopolu.
W 1951 na mocy umowy międzypaństwowej o zmianie granic z 15 lutego 1951 jego rodzinne strony znalazły się na terytorium Związku Sowieckiego, a miejscowi Polacy zostali przesiedleni w oddane Polsce okolice Ustrzyk Dolnych. Franciszek Flak wraz z rodziną zamieszkał w Czarnej, gdzie prowadził punkt skupu Gminnej Spółdzielni Samopomocy Chłopskiej i prowadził gospodarstwo rolne oraz pasiekę. Jednocześnie kontynuował służbę w OSP w nowo zawiązanej jednostce w Czarnej, do końca życia pozostając jej honorowym członkiem. Przez dwie kadencje pełnił funkcję radnego gminnego oraz przez jedną kadencję funkcję radnego Wojewódzkiej Rady Narodowej w Krośnie. Nigdy nie należał do PZPR ani innej partii politycznej.