Od 1501 roku w kościele pochowane jest serca króla Jana Olbrachta, znajdują się także pamiątki związane z Mikołajem Kopernikiem – chrzcielnica, epitafium jemu poświęcone i popiersie ufundowane w 1766 roku przez mecenasa sztuki Aleksandra Jabłonowskiego.
Od 1935 roku ma tytuł bazyliki mniejszej, od 1992 roku jest katedrą diecezji toruńskiej.
Historia I kościół Pierwszy kościół parafialny Starego Miasta został wybudowany w połowie XIII w. Pierwsza wzmianka o kościele pochodzi z 1257 roku. Kościół ten spłonął w latach 1263–1269. Ok. 1270–1330 rozpoczęto budowę nowego kościoła. Kościół św. Jana po raz pierwszy pojawia się w źródle z 1306 roku. W tym samym czasie obok kościoła działała szkoła parafialna.
Relikty pierwszego kościoła parafialnego Torunia ujawniły badania archeologiczne przeprowadzone w latach 1994–1995. Oprócz fundamentów, pod obecną posadzką zachowały się dolne partie ścian północnej i wschodniej z gzymsem wykonanym z glazurowanych na zielono cegieł. Na tej podstawie można określić, że była to budowla salowa, murowana, o wymiarach 11 na 22 m. Jej ściana południowa pokrywała się z południową ścianą istniejącego prezbiterium. Świątynia została zbudowana prawdopodobnie niedługo po translokacji Torunia na obecne miejsce (1236 rok) i była używana przez ok. 80 lat.