thumb|upright|Widok ogólny wnętrza katedry thumb|upright|Sklepienie nawy głównej, koniec XV w thumb|upright|Malowidło na północnej ścianie prezbiterium, ok. 1380-90 roku thumb|upright|Piękna Madonna (kopia) i Popiersie Mojżesza, ok. 1390 roku Bazylika Katedralna św. Jana Chrzciciela i św. Jana Ewangelisty w Toruniu – gotycki, ceglany kościół, dawna fara toruńskiego Starego Miasta. Znajduje się w kwartale zamkniętymi ulicami: Kopernika, Łazienną, św. Jana, Żeglarską. Jej bryła jest najlepiej widoczna ze strony południowej. W panoramie Torunia od strony Wisły najlepiej widoczne są wieża oraz korpus świętojańskiej fary.
Bazylika katedralna jest jednym z najbardziej reprezentatywnych przykładów architektury gotyckiej w Polsce. Wewnątrz kościoła zachował szereg cennych dzieł sztuki średniowiecznej i nowożytnej, m.in. zespół malowideł ściennych, krucyfiks mistyczny, płyta nagrobna małżeństwa von Soest, kompozycja rzeźbiarska ukazująca świętą Marię Magdalenę z aniołami, ołtarz Świętego Wolfganga. Część wystroju zaginęła (m.in. figura Pięknej Madonny, zastąpiona kopią z 1956 roku – zachowała się konsola z popiersiem Mojżesza, barokowy XVII-wieczny ołtarz główny) lub została przeniesiona do muzeów (m.in. obrazy Biczowanie i Zdjęcie z Krzyża). Od 1501 roku w kościele pochowane jest serca króla Jana Olbrachta, znajdują się także pamiątki związane z Mikołajem Kopernikiem – chrzcielnica, epitafium jemu poświęcone i popiersie ufundowane w 1766 roku przez mecenasa sztuki Aleksandra Jabłonowskiego.
Od 1935 roku ma tytuł bazyliki mniejszej, od 1992 roku jest katedrą diecezji toruńskiej.
Historia I kościół Pierwszy kościół parafialny Starego Miasta został wybudowany w połowie XIII w. Pierwsza wzmianka o kościele pochodzi z 1257 roku. Kościół ten spłonął w latach 1263–1269. Ok. 1270–1330 rozpoczęto budowę nowego kościoła. Kościół św. Jana po raz pierwszy pojawia się w źródle z 1306 roku. W tym samym czasie obok kościoła działała szkoła parafialna.
Relikty pierwszego kościoła parafialnego Torunia ujawniły badania archeologiczne przeprowadzone w latach 1994–1995. Oprócz fundamentów, pod obecną posadzką zachowały się dolne partie ścian północnej i wschodniej z gzymsem wykonanym z glazurowanych na zielono cegieł. Na tej podstawie można określić, że była to budowla salowa, murowana, o wymiarach 11 na 22 m. Jej ściana południowa pokrywała się z południową ścianą istniejącego prezbiterium. Świątynia została zbudowana prawdopodobnie niedługo po translokacji Torunia na obecne miejsce (1236 rok) i była używana przez ok. 80 lat. Z elementów wyposażenia tego najstarszego kościoła parafialnego miasta zachowała się wczesnogotycka brązowa chrzcielnica, ustawiona obecnie w tzw. Kaplicy Kopernika.
II kościół W pierwszych dziesięcioleciach XIV wieku rozpoczęto wznoszenie drugiego kościoła. Powstał wtedy najpierw trójnawowy, trójprzęsłowy korpus, a następnie, po rozbiórce pierwszego kościoła, obecne prezbiterium, zakrystia i kaplice boczne. Wygląd części zachodniej nie jest znany, ale powszechnie przyjmuje się, że do zachodniej fasady, na przedłużeniu nawy środkowej, przylegała kwadratowa wieża. Z tej fazy budowy kościoła pochodzi obecne prezbiterium oraz dolne partie ścian i filarów korpusu nawowego w obrębie trzech wschodnich przęseł (do około połowy wysokości obecnego kościoła). Forma budowli nawiązywała do świątyń westfalskich (np. Kościół Sankt Maria zur Wiese w Soeście).
III kościół Kolejna faza budowy wiąże się częściowo z jej odbudową po pożarze miasta w 1351 roku, kiedy częściowemu zniszczeniu prawdopodobnie uległ również Kościół św. Janów. Do początku XV w. przedłużono korpus o jedno przęsło, zbudowano nową wieżę od zachodu, ciąg bocznych kaplic przy nawie północnej oraz być może podwyższono nawę główną nadając kościołowi kształt pseudobazyliki. W 1402 roku zakończono budowę wieży. Zawaliła się ona w 1406 roku. Na jej miejscu w latach 1407–1433 roku wybudowano nową wieżę. Prawdopodobnie w 1433 roku po stronie południowej zainstalowano zegar wieżowy. Godzinowa wskazówka została nazwana Digitus Dei (Palec Boży). W 1466 roku król Polski przejął patronat nad kościołem.
IV (obecny) kościół W XV wieku nadano kościołowi ostateczny, zachowany do dzisiaj kształt. W latach 1468–1473 podwyższono korpus nawowy. W 1479 roku na wschodniej ścianie nawy północnej zainstalowano organy. W 1497 roku rozpoczęto budowę skarbca przy zakrystii. W 1501 lub 1505 roku miasto przejęło patronat nad kościołem. W 1500 lub 1522 roku odlano dzwon Tuba Dei.
Od XV do XVIII wieku w kościele odbywały się uroczystości okolicznościowe związane z wizytą królów Polski w Toruniu. 28 września 1410 roku do kościoła wkroczył orszak z królem Władysławem II Jagiełłą, a w 1454 roku orszak z królem Kazimierzem IV Jagiellończykiem. W nabożeństwie w kościele brał udział również Jan I Olbracht podczas swojej wizyty w Toruniu w 1501 roku. W następnych latach swój pobyt w Toruniu od nabożeństwa w kościele rozpoczynali królowie: Zygmunt I Stary, Stefan Batory, Jan II Kazimierz Waza, Jan III Sobieski.
W 1530 roku kościół przejęli protestanci. Od 1583 roku w kościele odprawiano nabożeństwa dla katolików i ewangelików. Katolicy modlili się po prawej stronie świątyni, ewangelicy po lewej. W 1596 roku na mocy decyzji króla Zygmunta III Wazy kościół, plebania i szkoła parafialna przeszły na własność jezuitów. Kościół został uszkodzony podczas potopu szwedzkiego w 1655 roku oraz podczas oblężenia Torunia przez wojska szwedzkie w 1703 roku. W 1703 roku Szwedzi próbowali zrabować dzwon Tuba Dei. Zaniechali tego po otrzymaniu okupu od władz miasta. W 1773 roku doszło do kasaty Zakonu Jezuitów. Kościół przeszedł na własność księży diecezjalnych. W latach 1806–1813 kościół został poważnie uszkodzony. W 1847 roku dokonano znacznego remontu świątyni. W 1878 roku wymieniono organy, zmieniono prospekt organowy na neogotycki.
24 października 1929 roku kościół wpisano do rejestru zabytków (A/405). Od 1935 roku ma tytuł bazyliki mniejszej. W latach 1938–1939 przeprowadzono prace konserwatorskie. W latach 1945–1954 konserwowano obrazy i rzeźby polichromowane. W 1951 roku zakończono prace w prezbiterium. W latach 1971–1972 przeprowadzono prace w Kaplicy Kopernika. Organy uszkodzone podczas II wojny światowej zostały odrestaurowane w latach 80. W 1991 roku konserwowano malowidło ścienne Sąd Ostateczny.
Od 1992 roku bazylika jest katedrą diecezji toruńskiej. Dokonano renowacji ołtarzy, figur i epitafiów (od lat 90. do 2002 roku), Kaplicy Bożego Ciała (1994), prezbiterium (1994–1996) oraz prace konserwatorskie na wieży (2001–2002). 7 czerwca 1999 roku katedrę nawiedził papież Jan Paweł II. W latach 2006–2011 katedra przeszła kolejne prace konserwatorsko-restauratorskie. Naprawiono pokrycia dachowe nad korpusem głównym, wieżą, prezbiterium i kaplicami. Był to największy remont katedry w jej historii.
Zabytki gotyckie 500px|thumb|left|Plan katedry w Toruniu z zaznaczonymi zabytkami sztuki gotyckiej: 1. malowidło Koronacja NMP; 2. malowidła św. Jan Chrzciciel i św. Jan Ewangelista; kute kraty z XV w.; 3. malowidło Ukrzyżowanie na drzewie Jessego i Sąd Ostateczny; 4. fragment malowidła z ok. 1400 r. 5. postać świętego króla-rycerza, być może św. Zygmunt; 6. malowidło Ukrzyżowanie; 7. malowidło św. Weronika; 8. malowidło Chrystus Boleściwy; 9. pozostałości gotyckich witraży; 10. skrzydło szafy ołtarzowej ok. 1480; 11. ołtarz św. Wolfganga, dawny krucyfiks tęczowy; 12. płyta nagrobna małżonków von Soest; 13. krucyfiks z XIV w. w ołtarzu Krzyża Św.; 14. płaskorzeźba św. Maria Magdalena unoszona przez anioły w nowożytnym ołtarzu; 15. konsola z popiersiem Mojżesza; 16. rzeźba Chrystus Boleściwy (XV w.), płyta nagrobna kupca Bertholda Segeberga z Lubeki (zm. 1467); 17. rzeźba Chrystus Zmartwychwstały; 18. rzeźba św. Jan Ewangelista; 19. rzeźba Chrystus Boleściwy (1510-20) oraz stalle; 20. płaskorzeźba Zaśnięcie NMP; 21. brązowa chrzcielnica; 22. dzwon Tuba Dei (na wieży) Obecne zachowane zabytki sztuki gotyckiej, mimo ich liczebności, są zaledwie ułamkiem pierwotnego wystroju kościoła. Przykładowo, wykaz prebend z 1541 r. wylicza 20 ołtarzy: główny pw. św. św. Jana Chrzciciela i Ewangelisty, 10 ołtarzy przy filarach międzynawowych, 8 ołtarzy w kaplicach oraz ołtarz w Kaplicy Ogrójcowej. Fundatorami byli członkowie patrycjatu toruńskiego, lokalne duchowieństwo (zarówno proboszczowie parafii św. Janów, jak i np. biskup chełmiński Łukasz Watzenrode), a w jednym przypadku urzędnik Korony Polskiej – podskarbi Henryk z Rogowa. Z zabytków tych przetrwał jedynie ołtarz św. Wolfganga (obecnie pełniący rolę ołtarza głównego) oraz pojedyncze rzeźby (w tym pochodzące z dawnego ołtarza głównego). W zgodnej opinii historyków, zabytki z epoki średniowiecza są najcenniejszymi elementami wystroju kościoła i stanowią świadectwo wysokiego poziomu toruńskiej sztuki w tym czasie.
W prezbiterium znajdują się malowidła gotyckie z XIV w. Na wschodniej ścianie postacie patronów kościoła – św. Jana Chrzciciela i św. Jana Ewangelisty z ok. 1360 roku, na ścianie północnej duża i ikonograficznie rozbudowana scena z ok. 1380–90 przedstawiająca Drzewo Jessego, Ukrzyżowanie na drzewie życia i Sąd Ostateczny oraz personifikacje cnót i grzechów głównych. Drugie z malowideł zostało częściowo zniszczone w 2 połowie XV w. przy budowie empory organowej, z czego można wnioskować, że pokryto je tynkiem już w XV w. podczas rozbudowy kościoła. Odkryto je w 1908 roku, a w latach 1921, 1990–1992 i 1997–1998 poddano konserwacji. Obecny ołtarz główny, tryptyk św. Wolfganga z ok. 1502 roku, fundacji Kaspra Welkera, w połowie XX wieku został przeniesiony w miejsce poprzedniego ołtarza głównego; pierwotnie znajdował się przy pierwszym od zachodu filarze w południowym ciągu filarów. W szafie środkowej znajdują się rzeźby świętych Wolfganga, Bartłomieja i Jakuba, na malowanych skrzydłach bocznych od wewnątrz ojcowie Kościoła: św. Grzegorz Wielki, św. Hieronim, św. Ambroży i św. Augustyn, na stronie zewnętrznej cztery święte dziewice: Małgorzata, Dorota, Apolonia i Agnieszka. Nad ołtarzem zamontowano dawny krucyfiks z belki tęczowej, z końca XIV w. Na ścianie południowej wisi brązowa płyta nagrobna burmistrza Jana von Soest (zm. 1361) i jego żony Małgorzaty, zamówiona prawdopodobnie w Brugii. Jest to najstarszy zabytek w kościele.
Na wschodniej ścianie nawy północnej znajdują się malowidła gotyckie z XIV (Koronacja Marii i Ukrzyżowanie). Poniżej wmontowana jest gotycka konsola z popiersiem Mojżesza. Dawniej stanowiła ona podparcie dla rzeźby Pięknej Madonny, zaginionej w czasie II wojny światowej, która wraz z konsolą była jednym z najwybitniejszych dzieł gotyku z przełomu XIV i XV wieku. Zachowane popiersie przedstawia Mojżesza wyłaniającego się z gałęzi krzewu ognistego i trzymającego tablice z dziesięciorgiem przykazań. Piękna Madonna została w 1957 roku zastąpiona kopią wykonaną przez Witolda Marciniaka.
W barokowym ołtarzu Krzyża Świętego przy drugim od wschodu filarze północnym znajduje się gotycki krucyfiks datowany wcześniej na 2 poł. XIV w., natomiast w nowszej literaturze zasugerowano jego kolońskie pochodzenie i zmianę datowania na lata między 1310 a 1350.
W ołtarzu przy drugim od wschodu filarze międzynawowym południowym znajduje się płaskorzeźba z przedstawieniem św. Marii Magdaleny unoszonej przez anioły z ok. 1400. Pierwotnie stanowiła ona część środkową ołtarza gotyckiego. Z ok. 1420–1430 pochodzi rzeźba Chrystusa Bolesnego, umieszczona w Kaplicy św. Barbary. Pochodzi ona przypuszczalnie z ołtarza Korony Cierniowej, wzmiankowanego w 1596 roku. Oba dzieła są wiązane z kręgiem mistrza Pięknej Madonny, przy czym w nowszych badaniach uznano, że pierwsze z nich (przedstawienie św. Marii Magdaleny) jest jego własnoręcznym dziełem.