Udał się wówczas do Rzymu, by przedstawić sprawę Klemensowi VIII, jednak jego przeciwnicy go ubiegli i uprzedzili papieża. 27 stycznia 1593 roku Klemens zakazał Hieronimowi powrotu do karmelitów, lecz zalecił wstąpienie do innego zakonu o zatwierdzonej regule. W Gaecie wstąpił do augustianów i wkrótce potem miał udać się do Rzymu, lecz statek został porwany przez piratów i odpłynął do Bizerty. Po dwóch latach pracy w niewoli, Hieronimowi udało się uzbierać sumę pieniędzy, dzięki której został wykupiony przez Żyda nazwiskiem Simón. W 1595 roku powrócił do Genui, gdzie skąd wysłał listy z prośbą o możliwość powrotu do karmelitów bosych. 6 marca kolejnego roku papież zrehabilitował go i zezwolił na powrót do macierzystego zakonu. Aby nie zaogniać sytuacji przystąpił do karmelitów trzewiczkowych z zezwoleniem na praktykowanie zreformowanej reguły. W 1600 roku miał głosić nastanie Roku Jubileuszowego w Maroku. Zanim wyjechał przebywał w Hiszpanii, gdzie był przy swojej umierającej matce. Po powrocie z Afryki spotkał się z królem w Aranjuez, a następnie miał udać się do Mediolanu, na prośbę kardynała Federica Borromea.