Kult bóstw rzymskich (Neptun, Jupiter, Merkury, Herkules, Wiktoria, Wenus) współistniał z miejscowymi (Aequorna, Laburus). Poza nimi, co najmniej od początku IV wieku poświadczone jest również istnienie chrześcijaństwa, m.in. poprzez zaistnienie dużej budowli sakralnej z chrzcielnicą (baptysterium) oraz funkcjonowanie miejscowej stolicy biskupiej. thumb|240px|Zabezpieczone pozostałości wczesnochrześcijańskiego ośrodka kultowego Pewnych zniszczeń miasto doznało w trakcie germańskiego najazdu Markomanów i Kwadów w roku 170 (podczas wojen markomańskich). Jednak istotnej dewastacji Emona po raz pierwszy uległa w 238 n.e. podczas przemarszu wojsk Maksymina Traka do Italii, gdy została opuszczona i spalona przez własnych mieszkańców wypełniających nakaz senatu, co odnotowuje Herodian (Historia Cesarstwa Rzymskiego VIII, 4) i co potwierdzają ślady w przebadanych warstwach osadniczych. Położone na ważnym szlaku strategicznym miasto nie było w stanie odzyskać swą świetność w czasach niespokojnych, jakie zapanowały w kolejnym i w następnych stuleciach. W 361 doświadczyło skutków przemarszu wojsk Juliana Apostaty z Galii do Panonii. W roku 388 przejściowo zajęte przez uzurpatora Magnusa Maksymusa, przyjęło zwycięskiego cesarza Teodozjusza wkrótce po jego bitwie nad Sawą. W 408 n.e.