przetrwało najazd Wizygotów pod wodzą Alaryka, płacąc wysoki okup. Po masowym wtargnięciu Hunów do Panonii Emona stała się ważnym ufortyfikowanym punktem oporu wytyczającym granicę pomiędzy strefą ludów barbarzyńskich i ziemiami cesarstwa rzymskiego.
W 452 n.e., podczas nasilonej inwazji barbarzyńców na Italię, miasto zostało jednak doszczętnie zniszczone przez Hunów pod wodzą Attyli, podobnie jak nieco później podczas przemarszu na Italię Ostrogotów i Longobardów (568 n.e.), co archeologicznie poświadczają warstwy spalenizny. Mimo to, ośrodek miejski w sposób ograniczony nadal egzystował wykorzystując naprawione mury obronne i proste pomieszczenia mieszkalne, wciąż będąc też siedzibą biskupstwa. Kres dotychczasowemu funkcjonowaniu Emony pod względem urbanistycznym położyło dopiero nadejście plemion słowiańskich, przerywające jej wielowiekową zwartą tradycję osadniczą.
Skutkiem najazdów w VI stuleciu była również ucieczka ocalałych mieszkańców na wybrzeże Istrii, gdzie powstała nowa osada pod nazwą Emonia (późniejsze Civitas Novum lub nawet Emona) wraz z oficjalnym przeniesieniem tam stolicy diecezji (dioecesis Aemonensis). Od drugiej połowy VI w. do ok. 600 r. poświadczone jest istnienie tamtejszych biskupów, wśród których w 579 r. wymieniony jest np.