Został uwięziony i oskarżony o udział w polskiej tajnej organizacji, ucieczkę z obozu i skazany na śmierć za popełnienie tych czynów i zamknięty w najgorszych warunkach w oczekiwaniu na zatwierdzenie wyroku przez Kalinina. Na szczęście 18 października 1920 r. został podpisany traktat wstępny (tymczasowe zawieszenie broni) między Polską a Rosją Sowiecką do czasu zawarcia pokoju w Rydze (Łotwa) 18 marca 1921 roku. Traktat ten przewidywał amnestię dla więźniów skazanych na karę śmierci. Czesław Gawlikowski ponownie uciekł i zorganizował własną repatriację, pieszo, do Moskwy, gdzie został przejęty przez Polski Czerwony Krzyż i repatriowany do Polski.
Od maja do grudnia 1921 służył w 82 Syberyjskim Pułku Piechoty w Brześciu Litewskim. Po przeniesieniu do rezerwy i zdaniu matury z języka polskiego rozpoczął studia prawnicze na Uniwersytecie Warszawskim, a następnie medyczne.