Kariera trenerska Wczesna kariera Alan Knill po zakończeniu kariery piłkarskiej rozpoczął karierę trenerską. W okresie od 31 marca 2005 do 7 kwietnia 2005 roku był tymczasowym trenerem Rotherhamu United, po czym 10 grudnia 2005 roku został mianowany trenerem klubu. W sezonie 2006/2007 został wybrany trenerem października 2006 w League OneKnill exploits earn manager award [data dostępu: 2006-11-02] . 1 marca 2007 roku po serii 14 meczów bez zwycięstwa został zwolniony z klubuKnill sacked as Rotherham manager [data dostępu: 2007-03-01] .
Dalsza kariera 17 marca 2007 roku został asystentem Lee Richardsona w FC ChesterfieldKnill joins Chesterfield backroom [data dostępu: 2007-03-20] . 4 lutego 2008 roku został trenerem występującego w League Two FC BuryBury appoint Knill as new manager [data dostępu: 2008-02-04] , z którym w sezonie 2008/2009, w którym dwukrotnie został trenerem miesiąca League Two (wrzesień 2008Bury's Knill scoops monthly award [data dostępu: 2008-10-02] , styczeń 2009Bury boss earns League Two honour [data dostępu: 2009-02-05] ), był bliski awansu do League One, jednak ostatecznie w barażach przegrał rywalizację z Shrewsbury Town po serii rzutów karnych 4:3 (1:0, 0:1).