31 marca 2011 roku został trenerem Scunthorpe UnitedScunthorpe United appoint Bury manager Alan Knill [data dostępu: 2011-03-31] , w którym został zwolniony 29 października 2012 roku i zastąpiony przez Briana LawsaScunthorpe United: Brian Laws replaces Alan Knill as manager [data dostępu: 2012-10-29] .
20 lutego 2013 roku tymczasowo zastąpił Martina Linga na stanowisku trenera Torquay United, jednak po utrzymaniu klubu w League Two został stałym trenerem drużyny The Gulls, jednak 2 stycznia 2014 roku z powodu słabych wyników w sezonie 2013/2014 (23. miejsce w League Two został zwolnionyAlan Knill: Torquay United sack manager [data dostępu: 2014-02-04] .
Współpraca z Chrisem Wilderem 27 stycznia 2014 roku rozpoczął współpracę z Chrisem Wilderem, będąc do 11 maja 2016 roku jego asystentem w Northampton TownChris Wilder named Northampton Town boss [data dostępu: 2014-01-27] .