Podczas II wojny światowej Weisgerber w latach 1940–1944 był zaangażowany w działalność propagandową Wehrmachtu we Francji. Jako pracownik Instytutu Celtyckiego w Bretanii zajmował się rekrutacją do formacji SS. Pod koniec wojny przystąpił do militarnej formacji VolkssturmChristopher M. Hutton: Linguistics and the Third Reich London – New York 2001, rozdz. Sonderführer Weisgerber, Nazi Germany and the Celts, s. 134–139.. Mimo to po wojnie został pozytywnie zweryfikowany i kontynuował swoje aktywności naukowe, dydaktyczne i organizacyjne. W latach 1947–1967 był dyrektorem Katedry Celtyckiej uniwersytetu w Bonn, a w latach 1960–1963 zastępcą kierownika Instytutu Fonetyki i Badań nad Komunikacją. Był założycielem i dyrektorem Instytutu Językoznawstwa Ogólnego. W roku 1950 utworzył czasopismo „Wirkendes Wort”, poświęcone językoznawstwu i literaturoznawstwu. Był inicjatorem i kierownikiem (1956-1965) zespołu Sprache und Gemeinschaft Niemieckiej Wspólnoty Badawczej (Deutsche Forschungsgemeinschaft). Od 1960 był członkiem Rady Naukowej redakcji Dudena.