Zastosowanie K. pastoris stały się głównym gatunkiem drożdży wykorzystywanych do produkcji białek rekombinowanych. Pierwszym takim białkiem była albumina surowicy ludzkiej produkowana pod handlową nazwą „Albrec”. Hodowle K. pastoris charakteryzują się wysokim bezpieczeństwem, ich kultury łatwo osiągają dużą gęstość i z tego powodu nadają się do zastosowań przemysłowych. Przy użyciu genetycznie modyfikowanych szczepów udało się wytworzyć ludzkie białka z grupy glikoprotein. Z genetycznie modyfikowanych szczepów. pastoris i Saccharomyces cerevisiae otrzymuje się handlowe preparaty enzymów trombolitycznych stosowane między innymi przy zawałach serca, zakrzepach żylnych i podczas dializy.
K. pastoris jest najbardziej efektywnym gospodarzem genów z innych organizmów, dzięki czemu gwarantuje ekonomicznie uzasadnioną produkcję heterologicznych białek, szczególnie biofarmaceutyków.