Po tym jak Imperium Rzymskie upadło, Straubing został zasiedlony przez Bawarów. Głównie wokół kościoła świętego Piotra (wybudowanego w IX wieku) pomiędzy rzekami Allachbach i Dunajem. Według legend bawarskich osadników, miasto zostało nazwane po ich przywódcy imieniem Strupo. Następnie nazwa ta wyewoluowała w Straubing. W 1218 roku Ludwik I Wittelsbach założył nową część miasta (zwaną „Nowe miasto”). Kiedy Bawaria została podzielona między synów Ludwika IV, cesarza Świętego Cesarstwa Rzymskiego w 1349, Straubing stał się stolicą księstwa Bawarii-Straubing, pod władzą księcia Wilhelma I. W 1429 roku Straubing przeszedł w panowanie Ernesta, władcy księstwa Bawarii-Monachium, na którego polecenie zabito tutaj Agnes Bernauer, małżonkę jego syna Albrechta. Grób Agnes nie został odnaleziony, jednakże na cmentarzu kościoła Świętego Piotra jest kaplica, wybudowana przez księcia Ernesta.
Dzisiaj, nowe miasto znajduje się w centrum Straubingu. Jest tu wiele sklepów, biur, restauracji oraz innych atrakcji. Większość budynków w mieście posiada jeszcze średniowieczny styl. Życie nocne, pełne pijalni, lokali i dyskotek rozkwita w tej o to właśnie części miasta.