Użycie mały|lewo|alt=Wodnosamolot Gotha WD.1 z silnikiem Mercedes D.I|Gotha WD.1 z silnikiem Mercedes D.I Drugi wyprodukowany egzemplarz WD.1, o numerze konkursowym 20, który wystartował w zawodach lotniczych Ostseeflug Warnemünde 1914, został później zakupiony przez Kaiserliche Marine do służby w Doświadczalnym Centrum Wodnosamolotów w Warnemünde, otrzymując numer marynarki 59. W kwietniu 1914 roku WD.1 odbył lot z Warnemünde do Danii. 14 grudnia 1914 roku marynarka zamówiła następnych pięć wodnosamolotów WD.1 o numerach 285–289, które zostały dostarczone między 17 lutym a 24 marca 1915 roku. Wodnosamoloty używane były do lotów patrolowych w początkowym etapie działań wojennych. Piloci narzekali na słabą zwrotność i długi rozbieg WD.1.
W lipcu 1915 roku trzy egzemplarze WD.1 o numerach 286, 287 i 289 dotarły do niemieckiej eskadry wodnosamolotów (niem. Wasserfliegerabteilung) w Imperium Osmańskim. Samoloty te były używane do rozpoznania i bombardowania sił alianckich na Imbros i półwyspie Gallipoli, a także przeprowadzały patrole przeciw okrętom podwodnym nad Morzem Marmara, kilkakrotnie atakując brytyjskie jednostki. W październiku 1915 roku do eskadry dołączono trzy uzbrojone wodnosamoloty Gotha WD.2.