Władza musiała jednak określić granicę, jakie praktyki religijne są dozwolone. Muftijat, czyli Zarząd Muzułmanów Uzbekistanu, jak i inne jemu podobne organizacje w Azji Centralnej miały na celu podporządkowanie religii państwu. W celu jasnego wyznaczenia granic, uzbecki muftijat zatrudniał imamów związanych z reżimem. Kontrolowano treść kazań, które miały zawierać fragmenty pochlebne wobec prezydenta i prowadzonej przez niego polityki. Wprowadzono również zakaz noszenia strojów religijnych w miejscach publicznych. W 1995 roku zdelegalizowano partie polityczne, które poruszały w swoim programie kwestie religijne.