Wraz z początkiem XVIII wieku rozpoczęła się ekspansja Imperium Rosyjskiego w Azji Środkowej. Później, w wieku XIX, Rosja miała pod swoim wpływem tereny Buchary i Kokandu. W 1876 roku, po stłumieniu rozpoczętego rok wcześniej antyrosyjskiego powstania, chanat kokandzki został zlikwidowany, a jego ziemię włączone do gubernatorstwa turkiestańskiego jako obwód fergański. Napór militarny Rosji spowodował zmiany w strukturze monarchii Uzbekistanu. Emirat Bucharski, jak i Chanat Chiwy stały się państwami despotycznymi, opartymi na szariacie. Na przełomie wieku XIX i XX powstały ruchy dwa ruchy reformatorskie: młodobucharczyków i młodochiwańczyków, żądające reform gospodarczych i ustrojowych.
Przyłączenie terenów Azji Środkowej do Rosji spowodowało zachwianie ówczesnego tradycyjnego modelu religii. Utożsamienie władzy politycznej z religijną zaczynało upadać. Oddziaływanie religii, szczególnie wśród społeczności pozostającymi w kontakcie z Rosjanami, znacznie spadła. Duchowieństwo straciło swój autorytet, w większych ośrodkach miejskich zanikała m.in. niechęć do korzystania z nowoczesnych środków komunikacji takich jak kolej czy tramwaj, zwanych wcześniej „diabelskim wozem” (szejtan-arawa). Uchowały się jednak struktury religijne w społecznościach lokalnych.